El Presidente es responsable del buen funcionamiento del Consejo y dirige sus trabajos. Junto con la Mesa, el Presidente define las grandes orientaciones estratégicas y ejes de desarrollo del Consejo. Es él quien convoca a la Mesa, cuyas reuniones preside y para las que establece el orden del día,  y las asambleas plenarias. El Presidente es elegido mediante votación secreta por todos los consejeros reunidos en sesión plenaria.

La Mesa, órgano colegial de dirección, es responsable del funcionamiento corriente de los trabajos del Consejo. Está formada por el Presidente y dieciocho miembros: seis vicepresidentes, dos administradores, cuatro secretarios y seis vocales.

El Secretario General, nombrado por el Gobierno según propuesta de la Mesa, participa en las deliberaciones de la Mesa y organiza, bajo la autoridad del Presidente, los trabajos de las secciones y dirige a los funcionarios que se ocupan de los servicios. El CESE está organizado administrativamente en cuatro direcciones, bajo la autoridad del Secretario General:

• La Dirección de Servicios Administrativos y Financieros garantiza el buen funcionamiento de la institución encargándose de los servicios de apoyo (logística, seguridad, servicio informático, etc.).
• La Dirección de Servicios Legislativos y Económicos participa en la organización y la buena marcha de los trabajos realizados por los miembros del CESE.
• La Dirección de Comunicación organiza y pone en marcha la promoción de los trabajos y las misiones del CESE.
• La Dirección de Relaciones Internacionales.